Die 1976 gegründete und im Handelsregister GE eingetragene A AG erwarb am 1. Januar 2005 alle Aktien der C AG zu einem Preis von CHF 5'284'200, am 1. Januar 2006 alle Aktien der D AG zu einem Preis von CHF 4'281'376 und am 24. Juli 2009 alle Aktien der E AG zu einem Preis von CHF 5'762'000.

In der Steuererklärung 2011 deklariert die A AG "Abschreibungen/Rückstellungen" in Höhe von CHF 467’775 Beteiligung C AG), CHF 217’672 (Beteiligung D AG) und CHF 500’000 (Beteiligung E AG) an, d.h. eine Gesamtabschreibung von CHF 1'185’447.

Auf Anfrage des KStA GE teilte die A AG mit, dass die "Abschreibung" der Beteiligungen unter Berücksichtigung des steuerlichen Wertes der Beteiligungen nach eigener Schätzung (Praktikermethode) berechnet wurde.

Das KStA GE rechnet die Abschreibungen aus dem Jahr 2011 sowie die kumulierten Abschreibungen aus den Vorjahren 2005 bis 2010 von insgesamt CHF 6'080’457 auf. Die dagegen erhobene Einsprache hiess das KStA GE teilweise gut, indem es die durch die Rückforderung für 2011 entstandene Mehrsteuer berücksichtigte.

In der Steuererklärung 2012 folgte die A AG der gleichen Abschreibungslogik wie per 2011