Die B SA bezweckt als Customer-Relationship-Management- und Debt-Collection-Unternehmen die Bereitstellung einer mehrsprachigen Helpline. Sie hatte ihren Hauptsitz in den Jahren 2010 und 2011 in Luxemburg. Im Kt ZH unterhielt sie eine Zweigniederlassung. 
Das selbst entwickelte Knowhow betreffend Aufbau und Betrieb von Call-Centern liess die B SA durch Patente schützen. Die entsprechenden Rechte befinden sich in ihrem Eigentum. Die Betriebsstätte im Kt ZH übernimmt die Verwaltung und Verwertung dieser Immaterialgüterrechte. Die Lizenzgebühren, die auf Basis von Franchiseverträgen von den verschiedenen Call-Center-Gruppengesellschaften für die Nutzung der Patente bezahlt worden waren, wurden in der Folge der Betriebsstättebuchhaltung zugewiesen. Gemäss einem Ruling zwischen der B SA und dem KStA ZH wird der steuerbare Gewinn der Betriebsstätte im Kt ZH in Übereinstimmung mit der Regelung für gemischte Gesellschaften von § 74 StG-ZH besteuert. 
Die Gruppengesellschaft C hatte für die Nutzung der Patente Franchisegebühren zu bezahlen. Weil diese Gesellschaft ihren Zahlungsverpflichtungen seit 2003 nicht nachgekommen war, kumulierte sich in der...