Die A AG hat seit 2008 statutarischen Sitz in U (AR) und wird seither von den Ehegatten A beherrscht. Laut HR-Eintrag bezweckt die Gesellschaft den Grosshandel, Vertrieb und Import technischer Bedarfsartikel. Die A AG verfügt in der C AG mit Sitz in V (ZH) über eine Schwestergesellschaft, welche laut HR-Eintrag denselben statutarischen Zweck verfolgt. Für die Steuerperioden 2008 bis 2013 ist die A AG vom Kt AR definitiv veranlagt worden.

Nach einer Buchprüfung bei der C AG kündigte das KStA ZH der A AG im Juni 2016 an, dass der Kt ZH ab der Steuerperiode 2008 die Steuerhoheit über sie beanspruchen werde, da die Geschäfte der Gesellschaft in V (ZH) geführt worden seien und der statutarische Sitz in U lediglich ein Scheindomizil darstelle. Für den Fall, dass die Steuerhoheit bestritten werden sollte, stellte das kantonale Steueramt einen Vorentscheid über die ordentlich einzuschätzenden Staats- und Gemeindesteuern ab dem Jahr 2011 in Aussicht.

Nachdem die A AG hierzu eine anfechtbare Verfügung verlangt hatte, hielt das KStA ZH mit Vorentscheid vom 13. Februar 2017 fest, ab der Steuerperiode 2011 werde die Steuerhoheit des Kt ZH und der Gemeinde V über die A AG...