Abschreibungen auf Kapitalanlageliegenschaften sind grundsätzlich zulässig, sofern es sich um Geschäftsvermögen handelt. Ausgeschlossen sind Abschreibungen auf Privatvermögen sowie ordentliche Abschreibungen auf Liegenschaften im Umlaufvermögen (eines Liegenschaftenhändlers). Die Steuerbehörden haben bei Abschreibungen auf Kapitalanlageliegenschaften zu prüfen, ob es sich um Privat- oder Geschäftsvermögen resp. Umlauf- oder Anlagevermögen handelt.

Ein selbständiger Maler erwarb mehrere Mehrfamilienhäuser, welche in seiner Einzelfirma aktiviert sind. Im Steuerjahr 2005 nahm er eine ordentliche Abschreibung von 2% des Buchwertes vor. Die Abschreibung auf Betriebsliegenschaften kann auch direktsteuerlich entweder effektiv (nach dem "tatsächlichen Wert") oder pauschal (nach der "voraussichtlichen Gebrauchsdauer") vorgenommen werden, wobei die pauschale Abschreibung entweder linear oder degressiv zu ermitteln ist.

Beim (interkantonalen) Liegenschaftenhändler werden drei Arten von Immobilien unterschieden: Solche, die für den Verkauf bestimmt sind und damit Handelsware (Umlaufvermögen) bilden, Betriebsliegenschaften, d.h. unmittelbar dem Handelsbetrieb dienende Liegenschaften (Anlagevermögen), sowie Kapitalanlageliegenschaften, die nur mittelbar durch ihren Ertrag als Kapitalanlage einem Unternehmen bzw. einem Privaten dienen. Normalerweise stellen Immobilien bei Liegenschaftenhändlern Umlaufvermögen dar, d.h. sie sind weder Betriebs- noch Kapitalanlageliegenschaften.

Nach Auffassung des BGr fällt es ausser Betracht, bei einem interkantonalen Unternehmen den aufgrund des Abstellens auf den Ersatzwert faktisch bei der Grundstückgewinnsteuer unberücksichtigten Teil eines Grundstückgewinns vom Gesamtgewinn, der für die Steuerausscheidung ermittelt wurde, zum Abzug zu bringen. Die Gewinnsteuerausscheidung hat Vorrang, sodass beim Auseinanderfallen des handelsrechtlichen Gewinns aus einer Grundstücksveräusserung und des aufgrund eines Ersatzwerts ermittelten Grundstückgewinns ein interkantonales Unternehmen allenfalls mehr Steuern zu entrichten hat als ein rein innerkantonales Unternehmen.