Bis zu seinem Tod im Juli 2003 hielt und führte der Pflichtige eine Unternehmensgruppe, die sich im Wesentlichen aus vier Holdinggesellschaften und zahlreichen operativen Gesellschaften zusammensetzte. Kurz nach seinem Ableben gerieten die Gesellschaften in Konkurs. Das Steueramt des Kantons Zürich veranlagte den Verstorbenen für die unterjährige Steuerperiode 2003 und berücksichtigte unter anderem die deklarierten Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit und rechnete Beteiligungserträge zufolge einer geldwerten Leistung auf.  
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess die Beschwerde teilweise gut und wies die Sache zur ergänzenden Untersuchung und zu neuem Entscheid an das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich zurück. Der Steuerpflichtige erhob Beschwerde beim Bundesgericht und beantragte, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, die Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit seien mit höchstens Fr. 313'426.35 zu berücksichtigen und von der Aufrechnung des Beteiligungsertrags sei abzusehen. Eventuell sei die Beschwerde bezüglich der Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit gutzuheissen und die Sache im Übrigen zur weiteren Abklärung und...