Die B AG mit Sitz im Kt ZG reichte im Dezember 2006 ihre Steuererklärung 2005 ein und deklarierte einen steuerbaren Reingewinn von rund CHF 5.9 Mio. Im Laufe des Jahres 2007 reichte sie die Steuererklärung für das Steuerjahr 2006 ein und deklarierte einen steuerbaren Reingewinn von rund CHF 3 Mio. Beide Gewinne waren auf einen Verkauf von Anteilen an der C GmbH mit Sitz in Deutschland, die im Jahr 2006 in die D AG umgewandelt und an der Börse kotiert wurde, zurückzuführen.   

Mit Fusionsvertrag vom Juni 2008 übernahm die A AG ebenfalls mit Sitz im Kt ZG das gesamte Gesellschaftsvermögen mit allen Aktiven und Passiven ihrer Tochtergesellschaft B AG rückwirkend per 1. Januar 2008. Im Juni 2008 reichte sie rektifizierte Steuererklärungen 2005 und 2006 der B AG ein und führte aus, man habe erst bei der Fusion realisiert, dass die B AG nur für ihre Muttergesellschaft gehandelt und die Beteiligung an der C GmbH bzw. D AG treuhänderisch gehalten habe, weshalb Bilanzberichtigungen vorzunehmen seien. Die rektifizierten Steuererklärungen 2005 und 2006 zeigten nur die Treuhandkommission als Ertrag.  

Die StV ZG erliess Veranlagungen für die Steuerjahre 2005...