Sachverhalt 

Die A AG bezweckt die Vermögensberatung bzw. –verwaltung und wurde im Jahr 2007 mit Sitz in der Stadt Zürich gegründet. Im Dezember 2008 verlegte die A AG ihren zivilrechtlichen Sitz in den Kanton Obwalden. Die Infrastruktur in Zürich behielt sie bei.

Für die Steuerperioden 2009 und 2010 beantragte die A AG 32.5% des Gewinns in den Sitzkanton Obwalden auszuscheiden. Der Kanton Obwalden erliess entsprechende Veranlagungsverfügungen.

Nach einer Buchprüfung und einem Schriftenwechsel mit der A AG ignorierte der Kanton Zürich den Sitz in Obwalden und besteuerte Gewinn und Kapital der A AG umfassend.

Die A AG erhob dagegen Einsprache und Rekurs. Da sowohl das Steuerrekursgericht als auch das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Auffassung des Kantonalen Steueramtes Zürich bestätigten, gelangte die A AG an das Bundesgericht.

Erwägungen

Das Bundesgericht hielt zunächst fest, dass eine juristische Person in einem Kanton persönlich zugehörig und deshalb unbeschränkt steuerpflichtig sei, wenn sich ihr Sitz oder ihre tatsächliche Verwaltung auf dem Gebiet dieses Kantons befinde.

Die tatsächliche...