Die A AG mit Sitz in U /BE war statutengemäss im Bereich der Unternehmensberatung tätig. A.B. war seit ihrer Gründung per 1990 bis 2009 deren Alleinaktionär sowie VRP und Geschäftsführer. Seit 1990 bestand zwischen ihm und der A AG ein Franchisevertrag. Per Ende 2009 übertrug er die Aktien an seinen Sohn B.B., der ihm auch in die Geschäftsführung nachfolgte. Für seine operative Tätigkeit 2009 und 2010 bezog er ein Salär, auf welchem die Quellensteuer abgerechnet wurde, weil er Wohnsitz in Spanien hatte. Zudem stellte er für 2009 und 2010 erstmals Franchisegebühren von CHF 50'000.-- (für 2009) bzw. CHF 156'970.-- (für 2010) in Rechnung. Auf den als Betriebsaufwand verbuchten Franchisegebühren wurde keine Quellensteuer abgerechnet.

Die KStV-BE qualifizierte die ausgerichteten Franchisegebühren als Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit und auferlegte der A AG Quellensteuern. Die erhobenen kantonalen Rechtsmittel wurden nur teilweise gutgeheissen. Die Quellensteuerpflicht blieb aber grundsätzlich bestehen. Die A AG focht die neuen Veranlagungsentscheide erneut an und brachte erstmals vor, A.B. habe die Franchisegebühren im Jahr 2013 an die A AG zurückbezahlt. Da...