C.C. ist im Kt VD ansässig und betreibt zwei Apotheken als Einzelunternehmen, eine im Kt VD ("G.") und eine im Kt VS ("Apotheke C.C."). 1993 gründete er die Gesellschaft A SA im mit Sitz im Kt VD mit dem Ziel, ein Eisenwarengeschäft zu betreiben. Die A SA hatte ein Aktienkapital von CHF 300'000, bestehend aus 300 Aktien zu einem Nennwert von CHF 1'000. C.C. hielt 245 der 300 Aktien der Gesellschaft, die restlichen Aktien waren im Besitz von D. Ende 2003 war die A SA überschuldet und wies einen Verlustvortrag von CHF 1'092'436 aus. C.C. war der Hauptgläubiger der Gesellschaft. Am 1. Dezember 2003 änderte die A SA ihren Namen in X SA, verlegte ihren Sitz in den Kt VS (in die gleiche Gemeinde, wo sich die Apotheke C.C. befindet) und änderte ihren Zweck (Betrieb einer Apotheke). Die Gesellschaft hat auch die Aktiven und Passiven der Apotheke C.C. zum Buchwert übernommen. Die Höhe des Aktienkapitals und seine Aufteilung zwischen C.C. und D wurden dabei nicht geändert.

Die X SA hat in ihren Steuererklärungen für die Steuerperioden 2004 und 2005 einen Verlustvortrag von CHF 1'092'436 geltend gemacht. Die KStV VS lehnte diesen Abzug jedoch ab. Nach dem...