Die Swiss International Air Lines AG (nachfolgend: Swiss) hat ihren Sitz in BS und unterhält Zweigniederlassungen in Le Grand-Saconnex/GE und Kloten/ZH. Als internationales Luftfahrtunternehmen unterhält es zu diesem Zweck weitere Betriebsstätten in diversen Ländern.

Mit Schreiben vom 7. Juli 2010 informierte Swiss die Steuerverwaltung des Kt BS, dass sie plane, die in ihrem Eigentum befindliche Marke "SWISS" an eine neuzugründende Tochtergesellschaft mit Sitz in  BS zu verkaufen und anschliessend gegen Lizenzgebühren zurück zu lizenzieren. Diese Lizenzgebühren sollten nach der Kostenaufschlagsmethode bestimmt werden und den Kosten der Tochtergesellschaft zuzüglich eines Gewinnaufschlags von 2% entsprechen. In diesem Schreiben wurde sodann die steuerliche Behandlung, welche diese Transaktion für die Tochtergesellschaft und für Swiss selbst haben würde, geschildert. Namentlich sollte Swiss den aus dem Verkauf resultierenden Veräusserungsgewinn mit Vorjahresverlusten verrechnen können und sollten die Lizenzkosten steuerlich abzugsfähige Betriebskosten darstellen. Schliesslich bat sie die KStV BS das Schreiben als Zeichen ihres Einverständnisses zu unterzeichnen. Die...