Die Vorinstanz war berechtigt, davon auszugehen, dass der zwischen Dritten vereinbarte Verkaufspreis, den Marktwert der Beteiligungen widerspiegelt. Die vorgenommenen Abschreibungen waren deshalb nicht berechtigt und wurden vom KStA GE zu Recht aufgerechnet. Das Bundesgericht bestätigt, dass die Beschwerdeführerin die wirtschaftliche Rechtfertigung für die Abschreibung der Beteiligungen nicht nachgewiesen hatte. Folglich hat das KStA GE diese Abschreibungen zu Recht aufgerechnet.

Die Steuerpflichtigen veräusserten sämtliche Aktien an ihrer AG mit Sitz im Kt ZH. Sie erhielten neben dem Kaufpreis ein weiteres Entgelt, welches vom KStA ZH als Einkommen besteuert wurde. Das VGr erachtet diese Zahlung allerdings als ein Entgelt für die Kaufsache und Bestandteil des Kaufpreises.

Das BGer überprüfte die strittige Frage der Qualifikation diverser "Gebühren" durch die Flughafen Zürich AG. Es entscheidet, dass die Vorinstanz den Sachverhalt zu Recht als unzureichend eingestuft und die Sache zu ergänzender Abklärung an die ESTV zurückgewiesen hat. Die Beschwerde der ESTV wurde demnach abgewiesen.

Eine in Rechtskraft erwachsene Veranlagungsverfügung der Kantons- und Gemeindesteuern kann nicht mittels Revision abgeändert werden, wenn bei der Veranlagungsverfügung der direkten Bundessteuern tiefere Ermessenszuschläge vorgenommen werden.