1. Sachverhalt

A mit steuerrechtlichen Wohnsitz im Kt SG war in den Steuerperioden 2008 bis 2010 unselbständig erwerbstätig. Zum einen betätigte sie sich als Leiterin einer heilpädagogischen Schule. Zum anderen wirkte sie als Geschäftsführerin der C GmbH mit Sitz im Kt AR, deren Mehrheitsgesellschafterin sie war. Nachdem sie ihre private Steuererklärung zur Steuerperiode 2008 im September 2009 eingereicht hatte beantragte sie gut ein Jahr später per E-Mail beim KStA SG, es sei mit dem Erlass der Veranlagungsverfügung 2008 noch zuzuwarten, da sich die Buchhaltung der C GmbH in Überarbeitung befinde, was wiederum Auswirkungen auf ihre eigene Veranlagung haben werde. Im Januar 2011 gab sie dem KStA SG sodann die modifizierten Einkünfte bekannt. Die Steuererklärungen zu den Steuerperioden 2009 und 2010 reichte sie im März 2011 bzw. Juli 2011 ein.

Im Dezember 2014 teilte das KStA SG der Steuerpflichtigen mit, die Veranlagung 2008 könne mangels vollständiger Unterlagen noch nicht vorgenommen werden. Der Lauf der Veranlagungsverjährung sei mit diesem Schreiben unterbrochen worden. Im Dezember 2015 erging ein gleichlautendes Schreiben zur Steuerperiode 2009. Im April 2016 veranlagte das KStA SG A für die Staats- und Gemeindesteuern SG und die direkte Bundessteuer für die Steuerperioden 2008-2010. Das KStA SG hiess die dagegen erhobenen Einsprachen insofern teilweise gut, als es die Mehrkosten für die auswärtige Verpflegung bzw. die Schuldzinsen zum Abzug zuliess. Die Kosten des privaten Fahrzeugs für die Fahrt an die Heilpädagogische Sonderschule liess die Veranlagungsbehörde auch weiterhin nicht zu. In grundsätzlicher Hinsicht erkannte das KStA SG allerdings, die Einrede der Veranlagungsverjährung sei unbegründet.

Die VRK hiess die dagegen gerichteten Rekurse teilweise gut. Unter dem Titel Berufswegkosten berücksichtigte sie die Kosten des öffentlichen Verkehrs. Das steuerbare Vermögen blieb unverändert.

Die Steuerpflichtige rief das VGr...