Die X. SA, eine Gesellschaft mit Sitz im Kanton Neuenburg, hat zum Zweck, Immobilien zu kaufen und zu verkaufen. Mit Fusionsvertrag vom 31. Dezember 2014 hat die X.SA die Aktiva und Passiva der B.SA, der C.SA, der D.SA, der E.SA und der G.SA übernommen. Sämtliche übernommenen Gesellschaften hatten ihren Sitz im Kanton Neuenburg und hielten je eine Kapitalanlageliegenschaft. Vor der Fusion wurden sowohl die X. SA als auch die übernommenen Gesellschaften von der A. SA gehalten.

Am 15. April 2015 beantragte die X.SA bei der KStV NE einen Vorabentscheid (Ruling), wonach die Übernahme der fünf Gesellschaften auf dem Wege einer Absorptionsfusion per 1. Januar 2015 steuerneutral erfolgen kann. Dieser Rulingantrag betraf ebenfalls die Frage, ob die X.SA die Verlustvorträge der D.SA (CHF 31'022), der E.SA (CHF 74'629) und der G.SA (CHF 639'449) steuerlich geltend machen kann. Die KStV NE bestätigte diese Anträge der X.SA und retournierte ihr am 11. September 2015 das unterzeichnete Ruling.

Im Rahmen der Steuerveranlagung 2015 stellte die KStV NE fest, dass sich am 31. Dezember 2015 nur noch die Liegenschaft der E.SA im Besitz der X....