Sachverhalt 

Die Gesellschaft X.SA, welche ihren Sitz in Genf hat, gehört zum multinationalen Unternehmen X, welches in der pharmazeutischen Industrie tätig ist. Die Holding der Gruppe, X.BV mit Sitz in den Niederlanden, hält etwa zehn Tochtergesellschaften, darunter auch die Gesellschaft X. France SAS.

Mit Vertrag vom 5. Juli 2005, hat sich die X. France SAS verpflichtet, diverse Arbeiten und Studien für ihre Muttergesellschaft auszuführen, dessen Resultate dem Eigentum letzterer Gesellschaft zugeordnet wurden. Gemäss Vertrag vom 19. Februar 2008 erlaubte die X.BV ihrer Schweizer Tochtergesellschaft den Zugang zu den Resultaten der Studien, welche von der französischen Tochtergesellschaft durchgeführt wurden, wobei die X.BV im Gegenzug eine Gebühr (Entgelt) von 2,5 % des relevanten Umsatzes erhielt.

Die X.SA wurde für die Steuerperioden 2003 bis 2011 gemäss Steuerveranlagungen der Genfer Steuerverwaltung besteuert. Nach einer Meldung der ESTV, welche die Existenz von geschäftsmässig nicht begründetem Aufwand erwähnte, eröffnete die Genfer Steuerverwaltung am 15. April 2013 ein Nachsteuerverfahren und ein Strafverfahren wegen Steuerhinterziehung...