1. Sachverhalt

Die A GmbH und die B GmbH haben Sitz in U/GL. Die beiden Gesellschaften zählen zu einem Konzern mit einer niederländischen Gruppenträgerin. Die Gesellschaften versorgen militärische Truppen und zivile Einsatzkräfte in verschiedenen Krisengebieten mit Nahrungsmitteln, Treibstoff und weiteren Gütern des täglichen Bedarfes. Die entsprechenden Güter werden dabei in verschiedenen Ländern eingekauft und mittels eigener Logistik der Gesellschaften in die Krisengebiete transportiert. Zur Verarbeitung, Lagerung und zum Transport der Güter unterhalten die Gesellschaften verschiedene Infrastrukturanlagen wie Lagerhäuser, Abfüllanlagen und Pipelines. Der Schwerpunkt der Geschäftstätigkeit der Steuerpflichtigen befand sich während den Steuerperioden 2009 bis 2011 in Afghanistan. Während dieser Zeitspanne war die zum gleichen Konzern zählende C mit Sitz in V (Vereinigte Arabische Emirate) in den Wertschöpfungsprozess der Steuerpflichtigen eingebunden. 

Mit Schreiben vom 11. Dezember 2008 und 12. November 2010 teilte die KStV GL den Steuerpflichtigen mit, dass für die Zwecke der direkten Bundessteuer ab dem 1. Januar 2007 (A GmbH) bzw. ab dem 1. Januar 2008 (B GmbH) auf den "Inlandumsatz" abgestellt werde, wobei dieser den im Inland angefallenen Kosten (ohne Einbezug der inländischen Bruttolohnsumme), erhöht um einen Zuschlag von 50 %, entspreche ("Cost-plus-Methode" bezüglich der inländischen Hauptniederlassungen; ohne Präzipuum zugunsten der Schweiz). 

Die ESTV erklärte mit Schreiben vom 12. Juli 2012 gegenüber der KStV GL, die Gewinnermittlungsmethode gemäss den Schreiben vom 11. Dezember 2008 und vom 12. November 2010 widerspreche dem DBG und sei damit für die noch nicht veranlagten Steuerperioden ab dem Jahr 2009 nicht zu beachten. 

Die KStV GL schloss sich in der Folge dem Standpunkt der ESTV an. Sie nahm deshalb für die Steuerperioden 2009 bis 2011 eine Steuerausscheidung an die ausländischen...