Die A GmbH und die B GmbH mit Sitz in U/GL zählen zu einem Konzern mit einer niederländischen Gruppenträgerin. Die Gesellschaften versorgen militärische Truppen und zivile Einsatzkräfte in verschiedenen Krisengebieten mit Nahrungsmitteln, Treibstoff und weiteren Gütern des täglichen Bedarfes. Der Schwerpunkt der Geschäftstätigkeit der Steuerpflichtigen befand sich während den Steuerperioden 2009 bis 2011 in Afghanistan. Während dieser Zeitspanne war die zum gleichen Konzern zählende C mit Sitz in den Vereinigte Arabische Emirate in den Wertschöpfungsprozess der Steuerpflichtigen eingebunden. 

Mit Schreiben vom 11. Dezember 2008 und 12. November 2010 teilte die KStV GL den Steuerpflichtigen mit, dass für die Zwecke der direkten Bundessteuer ab dem 1. Januar 2007 (A GmbH) bzw. ab dem 1. Januar 2008 (B GmbH) auf den "Inlandumsatz" abgestellt werde, wobei dieser den im Inland angefallenen Kosten ohne Einbezug der inländischen Bruttolohnsumme, erhöht um einen Zuschlag von 50 %, entspreche. 

Die ESTV erklärte gegenüber der KStV GL, diese Gewinnermittlungsmethode widerspreche dem DBG und sei damit für die noch nicht veranlagten Steuerperioden ab dem Jahr 2009...