Sachverhalt

Im Jahr 2014 wurde der Betriebsteil der D AG, der die Forschungsprogramme zur Entwicklung von Impfstoffen umfasste, im Hinblick auf einen allfälligen Verkauf auf die A GmbH (Beschwerdeführerin) abgespalten. Für den geplanten Verkauf wurden Vertragsverhandlungen mit der F Inc., G bzw. der H SARL geführt. Die Abspaltung erfolgte altrechtlich ohne Inanspruchnahme des FusG, indem die D AG die Forschungsprogramme auf die neu gegründete A GmbH übertrug und diese im Rahmen einer Sachdividende ausschüttete. Kurz darauf wurde die Beschwerdeführerin an die H SARL verkauft, die wiederum wenige Monate später die Forschungsprogramme der A GmbH im Rahmen eines Asset Deals an die F Inc. verkaufte. Die Beschwerdeführerin wurde kurze Zeit später in Liquidation gesetzt.

Mit der Steuererklärung 2015 machte die A GmbH Vorjahresverluste aus früheren Geschäftsjahren der D GmbH geltend. Zudem beinhaltete das später eingereichte Rektifikat der Steuererklärung 2015 einen Alternativantrag, wonach bei einer nicht steuerneutralen Spaltung ein Step-up für die Immaterialgüter zu gewähren sei (I. A.). Gegen die Veranlagungen des KStA ZH erhob die Beschwerdeführerin Einsprache. Dabei machte sie geltend, die Spaltung sei nicht steuerneutral erfolgt. Zudem sei von einer Steuerumgehung auszugehen. Daher seien die übertragenen stillen Reserven bei der D AG zu besteuern und der A GmbH ein Step-up zu gewähren (I. B.).

Erwägungen

Das Vorliegen einer altrechtlichen Spaltung, die wirtschaftlich einer Abspaltung nach Art. 29 lit. b FusG entspricht, blieb von den Parteien unbestritten (E. 3.3). Zu prüfen blieb jedoch die Frage des doppelten Betriebserfordernisses, welche für die Steuerneutralität einer Spaltung vorausgesetzt wird (E. 3.5). Weiter hatte sich das VGr mit der Frage der Anrechenbarkeit der Vorjahresverluste zu beschäftigen, die von der D AG im Rahmen Abspaltung auf die A GmbH hätten übergehen können....