Im Jahr 2014 wurde der Betriebsteil der D AG, der die Forschungsprogramme zur Entwicklung von Impfstoffen umfasste, im Hinblick auf einen allfälligen Verkauf auf die A GmbH (Beschwerdeführerin) abgespalten. Für den geplanten Verkauf wurden Vertragsverhandlungen mit der F Inc., G bzw. der H SARL geführt. Die Abspaltung erfolgte altrechtlich ohne Inanspruchnahme des FusG, indem die D AG die Forschungsprogramme auf die neu gegründete A GmbH übertrug und diese im Rahmen einer Sachdividende ausschüttete. Kurz darauf wurde die Beschwerdeführerin an die H SARL verkauft, die wiederum wenige Monate später die Forschungsprogramme der A GmbH im Rahmen eines Asset Deals an die F Inc. verkaufte. Die Beschwerdeführerin wurde kurze Zeit später in Liquidation gesetzt.

Mit der Steuererklärung 2015 machte die A GmbH Vorjahresverluste aus früheren Geschäftsjahren der D GmbH geltend. Zudem beinhaltete das später eingereichte Rektifikat der Steuererklärung 2015 einen Alternativantrag, wonach bei einer nicht steuerneutralen Spaltung ein Step-up für die Immaterialgüter zu gewähren sei (I. A.). Gegen die Veranlagungen des KStA ZH erhob die Beschwerdeführerin Einsprache. Dabei machte...